İstanbul'dan Santorini'ye direkt uçuş bulunmuyor. THY ve Aegean Airlines ile Atatürk Havalimanı'ndan Atina aktarmalı olarak Santorini'ye uçabilirsiniz. Havalimanı, ada merkezi Fira Köyü'ne 6 km uzaklıkta. Havalimanından taksiye binerek ortalama 10-15 Euro'ya merkeze gidebilir veya her 15 dakikada bir kalkan otobüslerle 1,20 Euro karşılığında 15 dakikada Fira'ya ulaşabilirsiniz. 4 kişilik özel transfer aracıyla 40 Euro'ya şehir merkezine gitmek de mümkün.
Adaya gitmenin bir diğer alternatifi ise İstanbul'dan Mykonos'a uçmak ve buradan feribotla Santorini'ye ulaşmak. Yaz sezonunda Atlasjet ile İstanbul Atatürk Havalimanı'ndan, Borajet ile Sabiha Gökçen Havalimanı'ndan direkt uçuşlarla Mykonos'a uçmak mümkün. THY ve Aegean Airlines ile İstanbul Atatürk Havalimanı'ndan Atina aktarmalı Mykonos'a uçabilirsiniz. Taksiye binerek 4 km uzaklıktaki limana ortalama 15 Euro karşılığında gidebilirsiniz. 2 saat süren Santorini-Mykonos feribot seferleri Nisan-Ekim aylarında düzenleniyor.
